《國家稅務總局關于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕187號）以及《國家稅務總局關于印發(fā)〈土地增值稅清算管理規(guī)程〉的通知》（國稅發(fā)〔2009〕91號）規(guī)定，納稅人有下列情形之一的，應進行土地增值稅的清算：1.房地產(chǎn)開發(fā)項目全部竣工、完成銷售的；2.整體轉(zhuǎn)讓未竣工決算房地產(chǎn)開發(fā)項目的；3.直接轉(zhuǎn)讓土地使用權的。納稅人符合下列情形之一的，主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算：1.已竣工驗收的房地產(chǎn)開發(fā)項目，已轉(zhuǎn)讓的房地產(chǎn)建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經(jīng)出租或自用的；2.取得銷售（預售）許可證滿3年仍未銷售完畢的；3.納稅人申請注銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續(xù)的；4.省稅務機關規(guī)定的其他情況。
納稅人具備以上條件，無論是主動清算還是被動清算，都要面臨如何確定收入的問題。《國家稅務總局關于土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）對這一問題，區(qū)分不同情形進行了明確。
1.開發(fā)項目銷售完畢且已全額開具商品房銷售發(fā)票的，按照發(fā)票所載金額確認收入。
開發(fā)產(chǎn)品銷售收入，若會計處理均通過“預收賬款”科目核算，則“預收賬款”各年度該項目累計發(fā)生額即為收入總額。此種情況下，商品房確權面積及結(jié)算價款已經(jīng)確認，結(jié)算發(fā)票應全部開具，依據(jù)發(fā)票所載金額，確認土地增值稅收入是成立的。但要注意復核編制的項目簽約銷售清單、確認面積結(jié)算單、銷售發(fā)票或銷售收據(jù)是否一致，勾稽關系是否成立。
此外，未在“預收賬款”科目核算的價外收費，也應計入收入總額。對于開發(fā)商在項目開發(fā)過程中的代收費用，《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財稅〔1995〕48號）規(guī)定，對于縣級及縣級以上人民政府要求房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)在售房時代收的各項費用，如果代收費用是計入房價中向購買方一并收取的，可作為轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)所取得的收入計稅；如果代收費用未計入房價中，而是在房價之外單獨收取的，可以不作為轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)的收入。對于代收費用作為轉(zhuǎn)讓收入計稅的，在計算扣除項目金額時，可予以扣除，但不允許作為加計20%扣除的基數(shù)；對于代收費用未作為轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)的收入計稅的，在計算增值額時，不允許扣除代收費用。因此，若房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)不是按照縣級以上人民政府的規(guī)定要求代收的費用，則要作為開發(fā)產(chǎn)品的收入征稅。財務處理記入“其他應付款”科目核算，可能導致銷售合同清單、銷售發(fā)票清單與會計科目“預收賬款”收入總額不一致。因此，土地增值稅清算時，對于銷售收入要分析確認。
國稅發(fā)〔2006〕187號文件規(guī)定，土地增值稅以國家有關部門審批的房地產(chǎn)開發(fā)項目為單位進行清算，對于分期開發(fā)的項目，以分期項目為單位清算。開發(fā)項目中同時包含普通住宅和非普通住宅的，應分別計算增值額。因此，銷售收入總額要首先分期確定，然后分類確定。
2.未開具發(fā)票或未全額開具發(fā)票的，以交易雙方簽訂的銷售合同所載的售房金額及其他收益確認收入。銷售合同所載商品房面積與有關部門實際測量面積不一致，在清算前已發(fā)生補、退房款的，應在計算土地增值稅時予以調(diào)整。
并非開發(fā)商收款都會開具發(fā)票，發(fā)票所載金額不一定能如實反映開發(fā)產(chǎn)品銷售總額，特別是開發(fā)產(chǎn)品已售未收款在財務賬目也沒有反映的情況下，比如關系客戶定房后，只交納定金，清算時只能依據(jù)交易雙方簽訂的銷售合同所載金額來確認收入。但在這種方式下，全部銷售合同應悉數(shù)備案，無論納稅人還是主管稅務機關，要逐一復核開發(fā)項目的開發(fā)樓棟、開發(fā)套數(shù)、規(guī)劃面積、預售面積、確權面積等基本數(shù)據(jù)，確保勾稽無誤。
開發(fā)項目開始清算，按照開發(fā)商編制的項目銷售合同簽約明細表確認收入，若沒有考慮已經(jīng)按照實際確權面積進行結(jié)算的補、退房款差異，仍會存在誤差。
商品房銷售管理辦法規(guī)定，商品房銷售可以按套（單元）計價，也可以按套內(nèi)建筑面積或者建筑面積計價。按套（單元）計價的房屋，誤差范圍在合同約定的范圍之內(nèi)，一般不會產(chǎn)生補、退房款。按套內(nèi)建筑面積或者建筑面積計價的，當事人應當在合同中載明合同約定面積與產(chǎn)權登記面積發(fā)生誤差的處理方式。合同未作約定的，按以下原則處理：（1）面積誤差比*值在3%以內(nèi)（含3%）的，據(jù)實結(jié)算房價款；（2）面積誤差比*值超出3%時，買受人有權退房。買受人退房的，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)應當在買受人提出退房之日起30日內(nèi)將買受人已付房價款退還給買受人，同時支付已付房價款利息。買受人不退房的，產(chǎn)權登記面積大于合同約定面積時，面積誤差比在3%以內(nèi)（含3%）部分的房價款由買受人補足；超出3%部分的房價款由房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)承擔，產(chǎn)權歸買受人。產(chǎn)權登記面積小于合同約定面積時，面積誤差比*值在3%以內(nèi)（含3%）部分的房價款由房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)返還買受人；*值超出3%部分的房價款由房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)雙倍返還買受人。
當面積誤差比*值超過3%時，房地產(chǎn)企業(yè)有可能支付客戶退房的房價款利息以及承擔超出3%部分的房價款，還有可能雙倍返還客戶*值超出3%部分的房價款。
支付給客戶退房款以及雙倍返還客戶*值超出3%部分的房價款時，房地產(chǎn)企業(yè)可以沖減其銷售收入。會計處理為：借記“預收賬款（或主營業(yè)務收入）”，貸記“銀行存款”。若支付利息，借記“財務費用”，貸記“銀行存款”。
實務中，確權面積結(jié)算差異是客觀存在的，補、退房款是正常的，不過一般都能控制在3%以內(nèi)。但納稅人要將結(jié)算資料保存完整，以備核查。
3.未簽訂銷售合同的情形也要清算收入。
國稅函〔2010〕220號文件沒有明確未開具發(fā)票或未全額開具發(fā)票或未簽訂銷售合同如何確認收入的情形。例如，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)將開發(fā)產(chǎn)品用于職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他單位和個人的非貨幣性資產(chǎn)等已經(jīng)交付使用的特殊情形，清算時則可依據(jù)國稅發(fā)〔2006〕187號文件第三條第一款規(guī)定，確認土地增值稅清算收入，即按本企業(yè)在同一地區(qū)、同一年度銷售的同類房地產(chǎn)的平均價格確定，或由主管稅務機關參照當?shù)禺斈?、同類房地產(chǎn)的市場價格或評估價值確定。對實際未投入使用的房屋，應待實際投入使用時，再按上述辦法確認收入
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